1901年1月10日，杨衢云在香港被清政府派刺客暗杀于香港，并于次日在医院去世。对此，谢缵泰、陈少白、冯自由等人的著作中均有较为详细的记载。 　　谢缵泰在《中华民国革命秘史》中记： 　　1901年1月10日，杨衢云在香港结治街52号的学堂被暗杀。凶手逃往广州。 　　杨衢云是一个具有崇高思想的人。他忠实地热心于我们的事业。真可以说，他是我国为自由与独立的事业而殉难的最崇高的爱国者之一。 　　杨衢云的遗体葬于香港基督教墓场。（2） 　　陈少白在《兴中会革命史要》中的一节《杨衢云之死》中，对杨衢云遭暗杀的原因、经过，以及出殡的情况，均记载颇为详细： 　　杨衢云喜自大，当惠州军事得手时，他在外面天天对着朋友自逞功能，说这件事是他办的，他便是主脑。外间不知其详，自然信以为真。杨衢云为敌党注目，更是不能免的了。 　　过了两个月，杨衢云仍旧在家里开了一个夜校，教授英文。有一天晚上，忽有四个人到家门前，三人把门，一人跑进来，对着杨衢云开了四五枪，当时杨衢云手上正拿着一本英文教科书，见有人照着他放枪，他便拿来一挡，将身弯下。但胸旁肋骨，早中一枪，接二连三，又中了两三枪，这胸旁之弹，就是他的致命伤了。凶手跑了，就把他送到国家医院里。侦探长问他到底疑是谁人所为，平日有无私怨，他就说除了革命结仇，并无其他。又问倘有意外，有谁能替他料理后事。他说：“陈少白便可。”隔了一会，汉臣跑到报馆来见了我，把情形可危之说告诉我，又述了杨衢云委托身后之言，匆匆去了。第二日早晨起来，知道杨衢云因伤过重，内里流血，天没亮已死去了。是日照例将尸身剖验取出枪弹，然后发还事主殓葬。他家里实是清寒，便由我替他办理一切丧事。 　　出丧那一日，场面颇觉隆重，香港人士，识与不识，知道他为革命而被清政府暗杀的，心里叹惜他，自动加入来送丧的人不少。那侦探长也礼衣礼帽，肃穆随行，经过之路，每一横街口，必站一便衣英警。我之前后，也有便衣英警各一人，保护严密如临大敌。 　　杨衢云在临死时对汉臣说过，要葬在外国公墓内，后来侦探纪录了告诉我，我便替他请求。照例中国人另有坟场，不准混入外人处的，好得英政府中人恨广州政府之无状，扰乱治安，反表同情于死者之义烈可嘉，遂由政府特别议决，准其入葬。后来这件案子得到许多人的帮助，费了我两年多的工夫，帮同香港政府把四个凶手除一人在家先死，一人因他事为清政府所杀之外，完全捉获，在香港问绞而死。（3） 　　另据，冯自由在《杨衢云事略》中记： 　　惠州革命军败退，将领多匿居香港，清吏乃集矢于衢云，侦知衢云设帐于结志街五十二号楼，教授英文，乃于是年十一月二十日（引者按：1901年1月10日）暗买凶徒陈林刺杀之于教授室。卒罹于难。诸同志葬其遗体于香港公共坟场第六千三百四十八号，遗一子二女。（4） 　　谋杀杨衢云的具体凶犯，据《广东政府谋杀民党杨衢云讯案之详纪》云：“杨衢云被刺，系李家焯主谋，建锐炮船管带陈林仔、营勇童祥、徐福及李桂芬主凶，港人吴瑞生接应。行刺时，徐、李二人望风，陈、童入屋开枪击之。事成后，遁往广州李家焯营内，领赏之外，由署督赏童祥、徐福、李桂芬五品功牌。”其后，香港兴中会因活动相继失败，元气大伤，只有《中国日报》尚能发挥舆论的作用，坚持同清政府及保皇党徒作斗争。