香港兴中会总部成立后，孙中山及其革命党人开始了在香港筹划广州武装起义的行动。1895年3月13日、16日和21日，孙中山与杨衢云、谢缵泰、黄咏商等人多次在“乾亨行”秘密讨论发动武装起义，攻占广州的计划。这个计划得到了改良主义思想家何启、《德臣西报》编辑托马斯·哈·黎德（Thomas. H. Reid）和《士蔑西报》邓肯等人的支持。“在他们的报纸上，公开地和不怕危险地支持这个伟大事业。而那时几乎所有的人都在嘲笑这个运动。”（21）香港兴中会总部经多次会议研究决定：孙中山驻广州专任军务，郑士良、陆皓东、邓荫南、陈少白等协助工作；杨衢云助香港专任后方接应及财政事务，黄咏商、谢缵泰等协助工作。同时，决定遴选三千人，由香港乘轮船至广州准备起义。另外，通过了陆皓东提议的用青天白日旗取代清王朝的黄龙旗。 　　这样，3月下旬，孙中山偕同郑士良、陆皓东、陈少白、邓荫南等赴广州设立了兴中会分会，租得双门底王家祠、云岗别墅为会所，对外则以农学会的名义，掩饰外界耳目。“在粤机关成立之后，同志加入兴中会者较香港尤为踊跃。先后填写誓约者，有左斗山、魏友琴、程奎光、程耀宸、陈廷威、王质甫、朱淇、朱浩、汤才、陈焕洲、吴子材、梁大炮、李芝、刘秉祥、黄丽彬、莫亨、程怀、程次、梁荣、苏复初等数百人。其后复添设分机关于东门外咸虾栏张公馆及双门底圣教书楼后礼拜堂，以容纳往来同志及贮藏秘密文件。此外省河南北尚有小机关数十处。”（22）由此可见，革命队伍在不断发展壮大。 　　与此同时，中国在中日甲午战争中的失败，在1895年4月17日清政府被迫与日本政府签定了不平等的《马关条约》。其主要内容是：中国割让辽东半岛、台湾全岛和澎湖列岛给日本；赔偿日本军费白银二亿两；开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，日本在通商口岸设领事官；允许日本在通商口岸设立工厂和输入机器。这个条约严重地损害了中国的主权和领土完整，大大加深了中国社会的半殖民地化和民族危机。 　　因此，救亡图存的运动在中国掀起了高潮。1895年5月2日，康有为联合各省应试举人1300余人，在北京发动了“公车上书”运动，反对清政府同日本议和，主张迁都抗战、请求变法，以图中国自强。此后，资产阶级改良派开始登上政治舞台。 　　针对清王朝的卖国行径和全国人民反对清政府的高潮的到来，孙中山领导的革命党加紧了在广州发动武装起义的步伐。1895年5月至6月，孙中山与兴中会的骨干在香港“乾亨行”，又多次商议了广州起义的准备工作。经过几个月的筹备工作，广州城内“防营及水师与各处绿林泰斗联络就范，北江会党由著盗梁大炮负责号召。香山隆都方面，则由侯艾泉、李芑二人担任发动，并购小火轮二艘为往来运输用。”（23）到8月27日，攻占广州的计划已经完成。同时，将设在香港士丹顿街13号的“乾亨行”关闭。 　　革命党人为了筹集起义经费，纷纷捐款。其中也有孙中山及其胞兄孙眉的捐款。据冯自由忆述：当时“广州重阳之役，咏商鬻其私产，得资万数千元，为义师尽力。”余育之“独慨助军饷万数千元，密约衢云、黄咏商等至红毛坟场交款，虽同志中亦鲜有知者。”（24）对于孙中山与其兄孙眉的捐款，据孙中山忆述：“且当日图广州之革命以资财赞助者，固无几人也。所得助者，香港一二人出资数千，檀香山人出资数千，合共不过万余耳。而数年之经营，数省之联络，及与羊城（引者按：指广州）失事时所发现之实迹，已非万余金所能办者也，则人人皆知也。其余之财何自来乎？皆我兄及我所出也。”（25）这是什么行为？这是舍小家为大家、这是为了推翻清王朝的专制统治、这是为了中华民族的独立和中国人民的幸福所付出的财力。这在一盘散沙的旧中国是难能可贵的。 　　8月29日，孙中山与杨衢云、黄咏商、陈少白、何启、托马斯·哈·黎德、谢缵泰等人在香港杏花楼酒店举行会议，讨论了广州起义后将组织的临时政府的政策。到9月底，“各方运动渐臻成熟，香港总部遂定期于九月重阳日（引者按：指公历10月26日）举事。预定由主要党员率领香港会党三千人，于是月初八（引者按：指公历10月25日）晚乘夜轮进省，并木桶装载短枪，充作胶坭，满报税关。初九晨抵省垣时，齐用刀斧劈开木桶取出枪械，首先向各重要衙署进攻；同时埋伏水上及附城之会党，则分为北江、顺德、香山、潮州、惠州数大队，分路响应。更由陈清带领炸弹队在各要区施放炸弹，以壮声势。各以红带为号，口号为‘除暴安良’四字。讨满檄文及安民布告由朱淇起草，先期印就，备到时张贴城内外。英文对外宣言由香港总部预请何启博士及英人邓肯等起草，以便到时通告各国，要求承认为民主国家交战团体”（26）关于致列强的宣言，另据谢缵泰说：“我们致列强的宣言是托马斯·哈·德黎和特·高文起草的，由何启博士和谢缵泰修正。”（27）这样，革命党人把起义成功后的对内对外的文字工作已经准备就绪。可谓：万事具备，只欠东风了。 　　然而，广州起义前夕，兴中会内部就会长职务属谁的问题，发生了争执。结果，以大局为重的孙中山将这一职务让位于杨衢云。对此，冯自由在《香港兴中会总部与起义计划》中记：“八月二十二日（引者按：公历10月10日）众以发难在即，始投票选举会长，名之曰伯理玺天德（引者按：指英文President）此职即起事后之合众政府大总统也。时会中分孙、杨两派，衢云要求此席甚力，郑士良、陈少白力反对之。总理（引者按：指孙中山）不欲因此惹起党内纠纷，表示谦退，力戒士良、少白勿与竞争，结果此席为杨衢云所得。迨九月重阳广州之役既败，香港总会因而瓦解。”（28）另外，陈少白在《兴中会革命史要》中对此事的记述更加具体详细： 　　我们在香港开了一次会议，只有七八人。当时广州和香港两方面的事情完全预备好了，孙先生（引者按：指孙中山）意思开这次会议，就是要举一个总统出来，一开会议，当然一致通过举孙逸仙当总统。孙先生就想先到广州，预备不再到香港来了，所有在香港的财政军队等等交杨衢云负责处理。我们也就预备都离开香港，到广州去。当时，杨衢云胆很小，不肯到省城（引者按：指广州）来冒险。最后他也答应在九月初八晚上，由他带了三点会三千人，搭夜船到省城，天亮到岸，我们就马上动手。这样当然算是很妥贴了。孙先生就把银行里的存款，在香港的所有军械统交给杨衢云，预备他最后到省城带来，他到了省城，就可举事了。 　　隔了一天，杨衢云忽然对孙先生说，可否把总统的地位让给他，以后到省城，事情办好了，再还给孙先生。孙先生听到这几句话，觉得事情还没有开始，同志间就发生地位之事，非常痛心，精神上也就受了一个很大的打击。所以，就约了我同郑士良三个人，开一个会议。郑士良听到孙先生说明上面的事情，他就说：‘这是不能答应的，我一个人去对付他，我去杀他，非杀他不可。’当时我就说：‘这是不对的。杀了他，在香港就出了人命案件，我们还能起事吗？照我的意思，我们先去省城办事。办成功那就没有问题了，办不成功，随便什么人做总统是没有关系的。’孙先生就依照我的意思，在当天晚上，再一次联席会议，出席的人中，还有一个英国人和一个美国人（系化学师）是孙先生由檀香山约来的。在会议席上，孙先生就自己提出来，把总统的名义让给杨衢云。在事前我们既然说妥了，会议表决，也是无理由的让给杨衢云做总统。第二天，孙先生就到广州去，我们几个人过了两天也去了，只留杨衢云一个人在香港。（29） 　　于是，在10月11日，孙中山离开香港到广州，具体领导广州的武装起义。