1924年1月，孙中山在广州任大元帅期间，确定联俄联共扶助农工的三大政策。彭湃被任命为中国国民党中央农民部秘书后，再接再厉，更加积极地以公开合法身份，领导开展农民运动。2月8日，海丰捷胜约农会召开恢复大会，他到会祝贺，并发表演说，号召农民参加反帝反封建斗争，深入开展农民运动。3月17日，海丰总农会举行恢复大会。他积极支持农民的减租斗争，使广大农民经济收入增加。4月，他到广州，参加中国共产党，并到中国国民党中央农民部（设在越秀南路93号惠州会馆中国国民党中央委员会内）上班。当见到孙中山时，便尊称“孙总理您好！”。孙中山也答谢说：“彭秘书您好！” 　　孙中山对农民是万分重视的，在扶助农工政策中，将扶助农民放在第一位，部署中国国民党农民部制定农民协会章程。彭湃根据海丰总农会惠州农民联合会广东省农会的经验，协助部长林伯渠制定了农民协会章程初稿。 　　6月24日，孙中山批准了农民协会章程，颁令切实贯彻执行，以便坚决贯彻扶助农民的政策。彭湃到广州郊区宣传该章程，帮助郊区农村成立农会，再帮助乡区成立农民协会，推动农民组织起来，开展减租斗争。 　　鉴于彭湃对开展广东农民运动作出卓著贡献，经孙中山批准，中国国民党中央农民部创办了中国国民党农民运动讲习所，并于7月3日开学，所址设在中国国民党中央委员会内，以彭湃为第一届农民运动讲习所主任。 　　11月，中国国民党中央政治委员会成立。孙中山任主席，主持召开第一次委员会议，决定成立军事委员会和农务调查委员会。 据此，彭湃亦进行农务调查，并通过中国国民党中央农民部将有关的农村调查报告转呈孙中山，使孙中山了解农民情况，确定扶助农民政策。 　　28日，应中国国民党中央农民部和彭湃邀请，孙中山出席了在文明路广东大学礼堂举行的中国国民党农民党员和广州市郊农民联欢会，发表了题为《农民要自己组织团体》的报告，提出各级政府要帮助农民实行大联合；指出农民“占全国人口百分之八九十”，但处境“都是艰难和痛苦的”；需要“先有觉悟，自己知道自己的地位是重要的……然后大家才能够联络起来”。他号召农民“从今日起结成团体，挑选各家的壮丁来练农团军”；表明“政府还可以从中帮助，用极低价卖枪给你们。你们有了枪，练成了很好的农团军，便是中国第一等的主人翁，能讲很有力的话”。 　　当看到许多赤脚破衫的农民到广州开会时，孙中山指出：“这是革命成功的起点。” 　　彭湃听了孙中山的讲话，受到很大鼓舞，对开展农民运动的信心更强。会后，他到各地传达孙中山讲话精神。在他的鼓舞下，许多农民加入了农会农军。 　　8月21日，应彭湃邀请，孙中山在第一届农民运动讲习所学生毕业典礼上讲话。他在《对农民运动讲习所学生训词》中说：设立在中国的大元帅府，“这个革命政府，是想要改成一个人民为主体的国家。农民是我们中国人民之中的最大多数。如果农民不参加革命，就是我们革命没有基础。国民党这次改组，要加入农民运动，就是要用农民来做基础。” 　　彭湃再次听到孙中山情真意切的讲话，进一步认识到农民问题的极端重要性，决心按孙中山的指示，认真搞好农民运动。 　　根据孙中山建立农团军的指示，27日，广东农团军（农民自卫军）在广东省署（政府）成立，由彭湃任总指挥。当日，彭湃率领农军到省长公署谒见廖仲恺省长。他们精神弈弈，步伐整齐。廖仲恺当众发表演说，勉其奋斗。 　　9月，彭湃任中共广州地委委员，10月任中共广东（两广）区委委员，为中共广东区委农委领导人之一。 　　10月中旬，广州发生广东商团军叛乱。孙中山指挥粤军等部队戡乱。彭湃指挥广东农团军予以协助，平定了商团叛乱，保卫了孙中山大元帅府的安定。 　　11月，广州各机关工农商学兵各界群众先后于7日和12日举行庆祝苏联俄罗斯十月社会主义革命胜利七周年大会和欢送孙中山北上大会，彭湃均参与发动农会农军参加大会，聆听孙中山在会上发表演说，接受教育，鼓舞士气。 　　28日，彭湃以中国国民党中央农民部特派员身份到广宁参与领导农民运动，带领广大农民开展减租斗争，指挥农军扫清了恶霸反动武器的据点。 　　1925年2月，彭湃随东征军参加东征，27日到达海丰，后兼任海丰县农会委员长。 　　3月12日，孙中山在北京逝世。4月14日，在海丰农工界哀悼孙中山大会上，彭湃发表演说，号召广大工农群众，继承孙中山遗志，将革命事业进行到底。 　　1926年3月10日，彭湃出席广州各界青年纪念孙中山逝世周年大会，发表演说，号召学习孙中山，坚持孙中山联俄联共扶助农工三大政策。